这里是“人”“神”“魔”各个种族混杂在一起的神秘世界密斯塔尔希亚。快活的玛娜莉亚王国公主“安”，内向的龙族公主“古蕾雅”。自两人的相遇之后，玛娜莉亚魔法学院的生活开始了。

此次的剧场版是小说第一卷内容的再构成，重现了夏娜与悠二相遇相识的过程，也是TV动画版中曾播出过的情节。不过作为剧场版，会在画面、情节等诸多方面做出更大的改进。

【本片翻译由澄空学园字幕组提供】故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分（学生作为人体科学实验对象）。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力（level 0）到超能力（level 5）。故事的主角上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，他的能力是能够将一切异能之力无效化。他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为“幻想杀手”

花园花铃是一个普通的中学一年级生。父母在小时候过世，与她的叔母单独居住，但是不擅长运动的她总是被叔母骂。但在她心爱的宠物猫──小西过世之后，她的运气开始慢慢的转好。花铃很快发现她的母亲的遗物，一枚神秘的粉红色戒指，借由维纳斯女神的神力的帮助下（其实是由戒指产生出来的力量），可以让她变成维纳斯女神。之后她亦开始帮助九条和音寻找其他的戒指，尝试破解关于“神化”的谜题。《小女神花铃》是日本漫画家小夏钝帆所创作的少女漫画，以及依此改编的电视动画。本作品于2002年12月号（2002年11月发行）开始在讲谈社少女漫

14岁的爱莉卡·梦宫为了寻找母亲的下落来到了大都市。在那里有着一群被称作“乙HiME”的女性，她们专门为王族或政治家等掌权者提供帮助，成为他们的参谋，是华丽而优雅的社交之花，全世界少女的憧憬。有香被乙HiME们活跃的身影打动，决定成为在最高点的“舞乙HiME”的一员。曾经孕育了许多“乙HiME”的伽尔德洛偑学院，是无数少女们寄托了梦想的所在，有香加入了想要努力争取进入这所学院的行列之中，并与少女妮娜等人相识。在萦绕着友情与恋情的竞争中，几位少女们渐渐成长着。