新生历19世纪。在争夺阿加塔沃特采矿所有权的福萨尼亚纷争结束后的5年。在所有动力都使用“蒸汽”的这个时代，将机器融合于人体并进行格斗的格斗技非常盛行。在战争中失去父亲和自己的右臂，母亲也成为植物人的孤独少年列比乌斯在伯父扎克的帮助下，仿佛被命运所吸引一样，埋头于机关拳击赛使自己才能开花结果。然后，用无敌笑容凝视在机关拳斗Grade-Ⅲ不断超越强敌的列比乌斯的神秘的男人克朗博士。在列比乌斯脑海中闪现的战争的记忆——

普通待业青年郝仁在找工作时，阴差阳错成为了希灵帝国女神渡鸦12345的审查官，负责处理地球中各种异类事件，本以为自己的任务就是打打酱油，照顾好异类租客，偶尔出去维护下世界和平。没想到这一次……搞大了！！……一阵鸡飞狗跳后，以为终于能安定下来好好过个年，但…真会如他所愿吗？

故事从97年《最终幻想VII》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德却与世隔绝孤独的生活着…… 剧情叙述主角们打倒赛菲罗斯（Sephiroth），拯救星球免于巨大陨石的侵袭后两年，神秘的怪病「星痕症候群」在各地陆续传出病例。而主角克劳德（Cloud）在与爱莉斯（Aerith）死别后，便郁郁寡欢。某日突然出现了与赛菲罗斯有未知关联的神秘3人组，除了直接对克劳德造成威胁之外，还进行着一连串秘密的计划，将已回归各