这是个因「反重力鞋」的问世，人人都能轻而易举地翱翔天空的世界。转校至久奈浜学院的仓科明日香，与新的同学鸢泽美咲、日向晶也相遇，得知了穿着「反重力鞋」竞技的比赛项目「Flying Circus」（简称FC）。迷上这项运动的明日香决意加入久奈浜学院的「FC部」，与其他伙伴一起挥洒青春的汗水。她们互帮互助，共同成长，向强力的对手发起挑战。目标——夏季大赛！

主人公——人类奇诺与会说话的摩托车汉密斯，毫无目的地在世界各处旅行。在世界的各处有着充满个性的国度，人们在与自己相适应的法律与常识之下生活，奇诺与汉密斯造访各种这样的国度，基本上只停留3天，之后便出发前往下一个国度。奇诺与汉密斯的这些旅行故事，时而温柔，时而哀伤，时而滑稽，时而痛彻心扉。这些美丽的故事，将一言难尽的鲜烈光景展现给读者。将“并不美丽，但也正因如此才美丽”的世界展现出来。

千年前的降魔师役小角拥有极为高强的咒力，他役使鬼神“前鬼”打败了暗黑神“羯磨”（カルマ），之后将前鬼封印起来，直到世间再度弥漫邪气它才会苏醒。千年后的式神町，一个欲望熏心的男人解开了“寄生果”上的封印。小角的后代、高中女生役小明解除了前鬼的封印，以它的力量消灭寄生兽、解救被寄生果附身的人。

14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。

召集了各个分野上的超一流的高中生，为培育他们成长而设立的政府公认特权学园「私立希望之峰学园」。在这个学园，存在着云集了超高校级的才能的"本科"，与只要支付了高额学费就谁都能够入学的"预备学科"两个学科。不仅仅是才能，连性格也充满了个性的第77期本科生。他们不只是固执于他们的才能，而是学习到了『对于人生来说重要的不是才能，是在与人之间的交流中研磨人格与创造回忆』，各自像普通的高中生一样讴歌着学园生活。但是，因谜之计划的进行，由学园引发的

这一天，三姐妹家来了一位从小岛上来的客人，一个与三妹年龄相仿的外国小男孩祖尔，还有一直奇怪但是满可爱的小动物，有一点象北欧神化里的龙，大概是他的宠物吧。小男孩带来一封信，邀请三姐妹到太平洋上印尼附近的一个岛国巴鲁去，因为所有的花费都不用她们出，于是三姐妹和祖尔一起踏上了往遥远南方小岛的征途。谁知到了那里，才知道巴鲁是一个很小的岛岛上，岛上的居民还过着相当落后的生活。他们的大哥旅行到了岛上，被岛上的神“里奥兰卡”选为了国王，可是前不久独自出海后就再没有回来，现在兰卡要在三姐妹中选出一个新的王，而且兰卡会跟随

2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。　　另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上

在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”结成了。打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生，加入了未来机关。他们在此继续复兴世界的活动，但苗木却被问以庇护“绝望的残党”这一叛逆之罪。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。手臂被戴上了奇妙的手环，过了一定时间就会被投以安眠药。不止如此，这其中还存在着“背叛者”，是为了杀掉未来机关而来的。“为了生存下去，非得找出背叛者并杀掉不可

集合了各个领域的超一流高中生，为了培育他们而设立的，政府公认的特权学园“私立希望之峰学园”。这所学园，存在着集中了超高校级的才能的“本科”，以及只要支付高额学费，就谁都可以进入的“预备学科”。不仅是才能，性格也独具个性的本科77期生。但他们不仅固执于才能，还学习了“人生重要的事物并非是才能，而是经由人际关系打造人格，并制造出回忆”，各自讴歌着如同普通的高中生一般的学园生活。但，随着神秘计划在水面下的执行，学园所带来的学科差别开始横行。以及，渴望着才能的预备学科的少年·日向创。他所引起的命运的邂逅，将学园、