酒会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。某天，新一和自己青梅竹马的同班同学毛利兰相约到游乐场游玩时，意外的在云霄飞车上遇到了杀人事件，在新一的推理下，很快协助警方破了这个案子。不过，这时有两个黑衣人的身影进入了新一的视线……

喜欢魔术的高中生黑羽快斗。父亲是天才魔术师，但也有世界大盗怪盗基德这一不为人知的一面。然而，他的父亲因魔术中的意外事故而去世了。自那8年后，快斗意外得知了父亲背后的一面，怀疑他非因事故而死，而是被什么人所杀害的。为了解除这个疑惑，快斗身着礼帽和白色斗篷，继承了父亲的轨迹，成为了怪盗基德。

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。r但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。r在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......

一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！

发生多起音乐家被暗杀的连续杀人事件。r被杀害的被害人，都是著名钢琴家所带领的音乐学院毕业生。r而他一手创立的音乐厅落成启用，首次特地举办音乐会特别邀请柯南一行人担任与会嘉宾。音乐会的焦点在于巴哈所弹奏的管风琴以及世界著名的小提琴“史特拉第瓦里”的音色，再加上具有绝对音感天才歌手的歌声。但是，就在音乐会活动日开始之前，陆续发生多起可疑事件。然而就在活动当天，柯南一行人所在的音乐会会场突然发生大爆炸。没多久，整个会场就被浓烈的火海所包围…。

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川 柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时，从兰打来的电话那里，柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实……

目暮警官、小兰的母亲妃英理、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑。

柯南用新一的身份在电话不自愿地约会了小兰，陪她看5月3日的午夜场电影，以便请求小兰替他参加森谷帝二教授举办的茶会。柯南为此十分烦恼，不知如何掩饰他变小的事实。r柯南目送小兰离开后，为此烦恼的柯南接到一个电话，是来历不明的炸弹客挑战柯南！少年侦探团收到的引爆遥控飞机、被安装了炸弹的装小猫的篮子，还有环状线的的炸弹陷阱，大家奋力推理，才及时预防了可能发生的意外。可是，最后发现被安装了炸弹的其实是工藤新一和小兰的约会地点－米花町大楼！柯南该怎么办呢？.......

大阪的地标日卖电视台突发爆炸事件！r那时，里面正在录制“皋月杯”百人一首和歌赛记者会，而突发事件让全场陷入恐慌！r轰然倒塌的大楼里，唯有西部名侦探服部平次和他的青梅竹马远山和叶被困其中，但在千钧一发之际，柯南将两人救出。r在这如同恐怖行动的事件中，众人既不知道犯人所图为何，犯人也没有主动发表声明，这让柯南与平次非常不解。r混乱之中，柯南一行人遇见了自称是“平次未婚妻”的女性。她的名字是大冈红叶。她说自己是【在小时候就向平次求过婚的命中注定之人】。而且，她还是赢得百人一首和歌赛的高中生组冠军，被称作“未来的

名侦探柯南电视动画和剧场版20周年纪念的最后一项，2小时电视动画特别篇，将于2016年冬播出。r重新演绎“云霄飞车杀人事件”，增加原作漫画中没有的新内容，并由原作者青山刚昌全面监修。故事将从工藤新一弄坏了毛利兰的手机开始，主体内容仍是原作第1话游乐园中的杀人事件，以及新一在此之后被琴酒强制服下APTX4869变成江户川柯南的经历。变成灰原哀之前的Sherry（宫野志保）、遇到柯南之前的少年侦探团、阿笠博士、收留柯南之前的毛利小五郎等角色都将登场，原作中没有描写的、上述角色在这一时间段的行动也将在片中展现。