阳光明媚的一天，柯南、小兰以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次和远山和叶。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱过后，一位皋月杯相关人员的尸体突然出现在众人面前。迷离的案情再度引起柯南的注意。

小师爷是生长在江南古镇绍兴的天才儿童，受师爷文化和老师爷的影响，立志做一名顶天立地，为国为名的大师爷。绍兴历年来都有公祭大禹的传统，这一年京城传来消息，皇上要亲临绍兴参加祭禹大典，届时将邀请各国使臣共同见证盛大仪式，京城特派神勇大将军张不狂提前赴绍监督各方面的准备工作。大将军因为小师爷的机智，特选中他协助自己的各项准备工作。在神勇大将军和机智勇敢的小师爷的配合下，绍兴城各方面的准备工作井然有序地进行起来。

该动画承接《神探四豆星Ⅱ》的故事，继续讲述四位小侦探们解决星球上发生的离奇案件的故事。

小师爷生长在江南古镇绍兴，在东方文化和父亲的熏陶下，他立志做一名顶天立地，为国为民的大师爷。绍兴城中疑案频发，小师爷和他的小伙伴们深入观察，仔细分析，破解一件又一件疑案。

小师爷生长在江南古镇绍兴，在东方文化和老师爷的熏陶下，他立志做一名顶天立地，为国为民的大师爷。绍兴城中突发了几起盗窃案，并且作案手段一致。全是利用神仙粉使人神智不清，盗取钱财。因为受害者都不记得之前的事，小师爷只能地毯式搜索查找线索。查到孙氏米粮店时，孙不出的古怪行为引起了小师爷的注意。

卡卡嘟聪明能干，勤奋好学，知识丰富，观察力极强，性格沉稳，心思缜密，推理起案情来自然头头是道，在没有十足的把握之前绝不轻易打草惊蛇；而波波嘟观察力强，憨厚可爱，行动力强，虽然有的时候会闹些笑话，但却时常歪打正着帮助了卡卡嘟，成为了卡卡嘟的好帮手。两人合作探案，破解了一个又一个的谜团。

该片讲述了以木木豆为首的四位小侦探各展所长破获各个星球离奇案件的故事。

主人公姜爻在追查友人失踪案件时，意外卷入了一场浩劫之中。但更令他感到震惊的是，他发现在背后袭击自己的，竟然是一个“不该存在于世”之人，而此人又似乎与主人公追寻的那位失踪友人有着千丝万缕的关系。为了查清友人失踪的真相，也为了摆脱幕后黑手的纠缠，姜爻在一红发男子的指引下，开始接触某个神秘的异能者组织“灵御台”。然而他还不知道的是，眼前的一切只是危机的序幕，一场跨越千年的阴谋已悄然苏醒。

“推理”“恋爱”“都市传说”“非人者”，谁都不可能预料得到接下来的发展！无论有多么合理，此推理仍然是虚构的。成为“妖怪”们智慧之神的少女岩永琴子，一见钟情的对象樱川九郎居然是一个连“妖怪”也畏惧三分的男人？这2人所遇上的异想天开事件和恋情将会何去何从呢？令人惊愕的恋爱加传奇加推理故事就此开始！

听说过“天眼”吗？不是通过自己的眼睛，而是通过其他生命去看世界，如果赋予您这种能力，你会如何使用呢？艰苦备考？当然不再需要。你还可以尽情地去欣赏之前从未见识过的世界，这一定会是种奇秒的体验吧？然而遗憾的是，这个故事并没有那么愉快。被夺去双眼，不！是被剥夺了一切的我朋友的故事。